Репрессии 37-38-го годов надолго искоренили всякую мысль о сопротивлении коммунистическому режиму у большей части граждан СССР, но вайнахи и тут повели себя по-иному. В ответ на государственный террор против собственного народа, в Чечено-Ингушетии резко усилилось партизанско-повстанческое движение. В абреки ушли сотни людей.
Примерно 20 лет вайнахское сопротивление советскому режиму возглавляли духовные авторитеты (муллы, шейхи) и крестьяне-горцы, но в конце 30-х и начале 40-х годов во главе партизанского движения встали представители интеллигенции (писатель Хасан Исраилов, юрист Майрбек Шерипов), что, впрочем, мало отразилось на методах и тактике борьбы.
Х. Исраилов (1910-1942) родился в ауле Нашх, откуда по преданию происходят "чистые" чеченские тайпы. Был комсомольцем, членом ВКП(б), но активной политической жизнью не занимался, писал преимущественно стихи и пьесы. Исраилов сотрудничал также в одной из московских газет, публикуя статьи, в которых остро критиковал власти Чечни за различные злоупотребления и притеснение трудового народа. За это он дважды арестовывался, проведя несколько лет в тюрьме, где написал ряд художественных произведений.
Окончательно разочаровавшись в советской власти, Х. Исраилов в 1939 году, после очередного освобождения, отверг предложение вернуться в ряды коммунистической партии и встал на путь открытого противоборства. Полагая, что момент Советско-финской войны - подходящий период для антикоммунистического выступления в тылу советов, к которому примкнут и другие народы Кавказа, он в начале 1940 года поднял восстание в Южной Чечне и, установив контроль над значительной частью горных районов республики, провозгласил создание "Временного народно-революционного правительства Чечено-Ингушетии".
Советское командование, подтянув в Чечню войска, к лету 1940 года нанесло ряд поражений повстанцам, которые, однако, все же сумели удержать часть своих позиций.
Нападение немецких войск на СССР в 1941 году оживило повстанческое движение в Чечено-Ингушетии. К Исраилову со своим отрядом присоединился бывший прокурор Майрбек Шерипов (ум. в 1942 г.), брат упоминавшихся Назарбека и Асланбека Шериповых. Был создан объединенный военный штаб и реорганизовано повстанческое правительство. Вайнахские повстанцы, действуя в горах небольшими группами, были неуловимы для карательных войск. В июне 1942 года они обратились с воззванием к чеченцам и ингушам, в котором говорилось, что кавказские народы ожидают немцев, как гостей, и окажут им гостеприимство только при полном признании независимости Кавказа. Советское командование, не в силах справиться с повстанческим движением, подвергало горные селения жестоким авиационным ударам. Среди мирного населения были большие жертвы.
Наступление немецких армий на Северном Кавказе в 1942 году было остановлено советскими войсками у северо-западных границ Чечено-Ингушетии, а в следующем году немцы были уже полностью изгнаны с Кавказа. В это время тысячи вайнахов храбро сражались против гитлеровцев на фронтах советско-германской войны. Тем не менее, советское правительство обвинило всех чеченцев и ингушей в измене и в феврале 1944 года организовало их массовую депортацию в Центральную Азию (в основном в Казахстан и Киргизию, частично также - в Узбекистан и на Алтай). Всего было выслано около 500 тысяч человек (более 400 тыс. чеченцев и 90 тыс. ингушей). Высылались не только "неблагонадежные элементы", с точки зрения властей, или простые граждане, но и работники партийного и советского аппарата, бывшие красные партизаны, заслуженные фронтовики, а также члены их семей. Приказ о депортации касался любого, кто был по национальности чеченцем или ингушом.